Les Archives nationales sont installées à Fontainebleau depuis 1969.
Le gouvernement de l'époque souhaitait construire une "Cité interministérielle des archives". Le terrain et des bâtiments sont rendus disponibles par le départ de l'OTAN. Les constructions militaires s'avérant progressivement inadaptées au traitement et à la conservation des archives, des bâtiments plus modernes ont été construits entre 1978 et 2005.
Le site de Fontainebleau, situé comme son illustre maison mère, "rue des Archives", conserve plus de 200 km linéaires de documents. Chaque année près de 6 km de nouvelles archives sont collectées et traitées. Celles-ci proviennent des organes centraux de l'Etat comme les ministères, les secrétariats d'Etat, les organismes publics dont les compétences s'étendent à l'ensemble du territoire national. Seuls trois ministères (Défense, Affaires étrangères, Finances) ont conservé la gestion de leurs propres archives qui ne sont donc pas versées à Fontainebleau.
Les archives conservées à Fontainebleau sont celles de la Ve République, elles sont donc par nature récentes, et beaucoup ne sont pas encore communicables au public, ce qui n'empêche pas les chercheurs spécialisés en histoire contemporaine de fréquenter assidûment sa salle de lecture.
Un temps menacé de fermeture, le site de Fontainebleau fonctionnera en synergie avec le site historique de Paris et le futur site de Pierrefitte-sur-Seine, pour l'heure en construction et qui devrait ouvrir cette année.